在东京八丈岛近海建设的、为了连接全世界警察拥有的监控摄像头的海洋设施“太平洋浮标”。为了正式运行，与欧洲的警察组织欧警署管辖的网络连接，世界各国的工程师集结于此。那里应用了人脸认证系统，某项“新技术”的测试也正在推进。另一边，柯南等少年侦探团成员受园子的邀请来到八丈岛赏鲸。随后赤井秀一给柯南打了一个电话，说欧警署的职员在德国被琴酒杀害了。感到不安的柯南潜入了前往“太平洋浮标”警备的黑田兵卫等警视厅相关人员乘坐的巡逻艇，潜入了设施内。随后，在为系统运行正稳步准备的设施内，发生了一名女性工程师被黑衣组织绑架的案件！而且，她所拥有的记录了某个信息的USB盘落到了组织的手中。海中令人毛骨悚然的螺旋桨声。而在八丈岛住宿的灰原身边，也有黑影悄悄靠近。绝对不能触碰的魔盒被打开的时候，被封存的过去，如今在海上浮现。